Mengulik sejarah Departemen Administrasi Pendidikan tidak bisa lepas dari sejarah Fakultas Ilmu Pendidikan. Fakultas Ilmu Pendidikan dahulu bernama Fakulteit Pedagogik yang berada di bawah naungan Universitas Gajah Mada (UGM). Fakulteit Pedagogik dibuka pada 23 Januari 1951, dimana pada saat itu Fakulteit Pedagogik berada dalam satu rumpun dengan Fakultas Sastra, Pedagogik dan Filsafat (SPF). Pada 19 September 1955, Fakultas SPF mengalami pengembangan yang ditandai dengan dipecahnya Fakultas SPF menjadi fakultas yang masing-masing berdiri sendiri. Oleh karenanya, setiap tanggal 19 September diperingati sebagai Dies Natalis FIP Universitas Negeri Yogyakarta.

Pada Bulan Januari 1962, FIP UGM direorganisasi menjadi tiga fakultas, yakni: Fakultas Ilmu Pendidikan, Fakultas Pendidikan Jasmani, dan Fakultas Keguruan dan Ilmu Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP). Selanjutnya, melalui Keppres nomor 1 tahun 1963, Keputusan Bersama Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) dan Menteri Pendidikan Pengajaran dan Kebudayaan (PPK) no. 32 dan 34 tahun 1964, serta Keputusan Menteri PTIP no. 36 tahun 1964, diputuskan bahwa Institut Pendidikan guru (IPG) di Yogyakarta dan Solo, FIP dan FKIP UGM disatukan dalam satu wadah yang dinamai dengan IKIP Yogyakarta. Pendirian IKIP Yogyakarta diresmikan pada 21 Mei 1964 oleh Menteri PTIP.

Pada tanggal 6 Desember 1965, melalui Keputusan Rektor IKIP Jogyakarta No. 05 tahun 1965 tentang Struktur dan Organisasi IKIP Jogyakarta, Jurusan Administrasi Pendidikan (AP) secara resmi didirikan. Pada mulanya, Jurusan AP dipersiapkan untuk menyediakan tenaga pengajar mata pelajaran Administrasi (dan Supervisi) Pendidikan, SPG dan SGO. Semenjak SPG dan SGO ditiadakan, maka Jurusan AP tidak lagi berorientasi mendidik calon guru SPG dan SGO, melainkan lebih memfokuskan diri pada pengelolaan (mempersiapkan staf pengelola) satuan-satuan Pendidikan dan institusi penyelenggara pendidikan baik negeri maupun swasta. Dengan teori dan praksis Admnistrasi Pendidikan sebagai kekhasan, lulusan AP diharapkan menguasai aspek-aspek administrasi, manajerial, menghayati aspek-aspek kependidikan yang akan mendukung ketepatan pengelolaan satuan-satuan pendidikan dan institusi penyelenggara satuan Pendidikan.

Seiring dengan perkembangan trend pengelolaan Pendidikan di dunia internasional yang lebih banyak menggunakan istilah Manajemen Pendidikan dibandingkan dengan Administrasi Pendidikan serta disosialisasikannya Manajemen Berbasis Sekolah oleh Pemerintah, Jurusan AP mengajukan permohonan perubahan nama Jurusan dan Program Studi Administrasi Pendidikan menjadi Jurusan dan Program Studi Manajemen Pendidikan. Pengajuan tersebut juga dimaksudkan untuk mengantisipasi kesalahpahaman dalam memaknai Administrasi Pendidikan. Pada 27 Juli 2005, terbitlah Surat Direktur Pembinaan Sarana Akademik dan kemahasiswaan sebagai penanda bahwa Program Studi Manajemen Pendidikan telah secara resmi bernaung di bawah Jurusan Administrasi Pendidikan, Fakultas Ilmu Pendidikan, Universitas Negeri Yogyakarta.

Sejarah Prodi Manajemen Pendidikan dari cikal bakal berdirinya hingga saat ini telah melewati rangkaian perjalanan yang panjang, termasuk pergantian kepemimpinan sebagaimana terurai berikut.

Program Studi S1 Manajemen Pendidikan memiliki kualitas yang diakui di dalam negeri dan luar negeri. Selain berstatus terakreditasi A oleh BAN PT, sejak tahun 2020 Prodi S1 Manajemen Pendidikan juga telah memiliki sertifikat akreditasi internasional ASIC (Accreditation Service For International Schools, Colleges And Universities) dengan predikat premiere institution.

Seiring bertransformasinya Universitas Negeri Yogyakarta yang semula Badan Layanan Umum (BLU) menjadi Perguruan Tinggi Negeri Berbadan Hukum (PTNBH) maka penyebutan Jurusan berubah menjadi Departemen, mengacu pada Peraturan Pemerintah Nomor 35 Tahun 2022 tentang Perguruan Tinggi Badan Hukum Universitas Negeri Yogyakarta. Oleh karena itu, Prodi S1 Manajemen Pendidikan kini berada di bawah naungan Departemen Administrasi Pendidikan, Fakultas Ilmu Pendidikan dan Psikologi, Universitas Negeri Yogyakarta. (Pan).